Es un espacio natural protegido que se localiza en la costa caribeña del estado de Quintana Roo. Forma parte de la provincia geológica de la Península de Yucatán, cuya principal característica es la planitud de su relieve y que su superficie está constituida principalmente por piedra caliza, misma que impide la formación de corrientes superficiales de agua y favorece el afloramiento de unos pozos conocidos como cenotes en México. Frente a la costa de Sian Ka'an, en el Mar Caribe , se ubica un complejo de arrecifes coralinos que constituyen el segundo más amplio en su tipo, después de la Gran Barrera de Arrecifes, al oriente de la costa de Australia. Un ecosistema muy peculiar en los humedales de Sian Ka'an es el de los
llamados petenes, unas masas de árboles que pueden medir hasta treinta
metros de altura y que se levantan entre las hierbas de los pantanos.
Estas formaciones vegetales son casi únicas en el mundo, pues fuera de
la península de Yucatán, no existen más que en el estado norteamericano
de Florida, donde se les conoce como hammocks, y en Cuba, donde se les
llama cayos de monte. En su mayoría tienen forma oval o circular y su
tamaño varía desde unas decenas de metros hasta casi dos kilómetros de
diámetro. Se generan debido a la presencia de manantiales de agua dulce,
que brotan en medio de los pantanos de agua salobre y permiten el
crecimiento de grandes árboles. Los ecosistemas
de la región han sido afectados por la actividad humana en los últimos
años. Algunas zonas de la reserva han sido deforestadas para extraer de
ellas especies maderables. La devastación de la flora original ha
propiciado la introducción de especies extrañas como la casuarina. Por otra parte, el tráfico marítimo ha puesto en peligro la barrera de arrecifes y los ecosistemas asociados.
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