El Gran Valle del Rift es una gran fractura geológica cuya extensión total es de 4830 km. Comenzó a formarse en el sureste de África hace unos 30 millones de años y sigue creciendo en
la actualidad, tanto en anchura como en longitud, expansión que con el
tiempo se convertirá en una cuenca oceánica.
La sección keniana del Valle del Rift es el hogar de ocho lagos, de los
cuales 3 son de agua dulce y el resto carbonatados. De estos últimos,
los poco profundos lagos carbonatados del Valle del Rift del Este tienen
sal cristalizada que vuelve las orillas blancas, y son famosos por las
grandes bandadas de flamencos que se alimentan de crustáceos.
Lago Turkana (de 6405 km² y a una altitud de 360 m, de agua dulce), es el lago más grande de Kenia en la frontera entre Kenia y Etiopía.
Lago Logipi es un lago carbonatado poco profundo alimentado por aguas termales en el valle de Suguta, justo al sur del lago Turkana.
Lago Baringo (de 130 km² y a una altitud de 1000 m), de agua dulce, el segundo mayor de los lagos kenianos.
Lago Bogoria (de 34 km² y a una altitud de 990 m).
Lago Nakuru (de 40 km² y a una altitud de 1759 m).
Lago Elmenteit
Lago Naivasha (de 160 km², pero varía con la lluvia, y a una altitud de 1890 m).
Lago Magadi localizado cerca de la frontera con Tanzania.
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