Situado al sudeste del Japón, este sitio abarca 42.698 hectáreas de bosques pluviales subtropicales que cubren la superficie de una cadena arqueada de cuatro islas que delimitan las aguas del Mar de China Oriental y las del Mar de Filipinas. Su cumbre más alta es el Monte Yuwandake que se yergue a 694 metros sobre el nivel del mar en la isla de Amami-Oshima. Totalmente despoblado, el territorio tiene un gran valor para la diversidad biológica porque cuenta con un elevado porcentaje de especies vivas endémicas, muchas de las cuales están en peligro de extinción. Entre ellas figuran plantas, mamíferos, aves, reptiles, anfibios, peces de agua dulce y crustáceos decápodos. Cinco tipos de mamíferos, tres de aves y otros tres de anfibios se han catalogado a nivel mundial como especies evolutivamente aisladas y en peligro de extinción global. También existen varias especies endémicas, confinadas en sus respectivos territorios isleños, que no se encuentran en las demás islas que componen el sitio.
Amami Ōshima es la mayor de las islas Amami. Se encuentra aproximadamente a mitad de camino entre las islas Okinawa y Kyūshū. Antiguamente parte del Reino de Ryūkyū, en 1624 fue anexionada por el daimyo de Satsuma. Asimismo, estuvo aproximadamente siete años bajo el control estadounidense tras la derrota de Japón en la Segunda Guerra Mundial.
Conejo de Amami
Isla de Tokunoshima
En la zona de Yanbaru, al norte de la isla de Okinawa, se encuentran los manglares del río Gesashi, un ecosistema único en todo Japón. Aqui se pueden encontrar aves únicas, como el rascón de Okinawa, un pájaro en peligro de extinción. El Parque Nacional Yanbaru, establecido en 2016, comprende un área de tierra de 13,622 ha.
Iriomote es la mayor de las islas Yaeyama y la segunda más grande de la prefectura de Okinawa, después de la propia Okinawa. Uno de los animales de la isla es el gato de Iriomote, un felino en estado crítico de extinción del que se calcula que quedan apenas un centenar de ejemplares.
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